En el inicio de 1955 la relación del presidente Juan Domingo Perón con la Iglesia estaba quebrada. Desde la curia se alentaba el derrocamiento del gobierno electo en 1946 y reelecto seis años más tarde. La Iglesia defendía sus intereses por encima de sus dogmas eclesiásticos, estaba enfurecida por la ley de divorcio sancionada por el gobierno y la manifiesta intención de separar la educación del clero. Asumiendo que eso significaba un ataque a la libertad, convocó a una marcha opositora el 14 de junio, día de Corpus Christie. La convocatoria fue numerosa, las consignas apuntaban al derrocamiento de Perón. Al día siguiente, el General Lucero, Ministro de guerra, le advirtió a Perón sobre las posibilidades de un golpe de estado que era impulsado desde el Ministerio de Marina.

El 16 de junio, acompañado del Mayor Máximo Remer, Perón llegó a la Casa Rosada a las seis de la mañana. El General Franklin Lucero lo esperaba en las puertas de su despacho con las novedades. Las tropas del ejército estaban listas a repeler cualquier intentona de rebelión. Lucero le sugirió a Perón que no se quede ahí, había rumores sobre aviadores de la marina que atacarían la Casa de Gobierno para asesinarlo.

Una sugerencia que le salvó la vida a Perón. A las 9 de la mañana, tras finalizar una entrevista con el embajador de Estados Unidos, el presidente cruzó la avenida Paseo Colón rumbo al Ministerio de Guerra. Una hora más tarde Perón fue informado que el Ministerio de Marina había sido tomado por tropas rebeldes y escuadrillas de la aviación naval habían partido de sus bases. Pocos después de las 11 de la mañana la Plaza de Mayo comenzó a ser ocupada por manifestantes que apoyaban a Perón. A las 12,35 los aviones de la marina sobrevolaron la plaza lanzando bombas sobre ellos.

Desde el edificio del Ministerio de Marina francotiradores disparaban sobre la gente. Perón observó aquella masacre desde una ventana del Ministerio de Guerra, estaba junto a un grupo de Generales leales.

La Rebelión fue sofocada en horas de la tarde, el almirante Anibal Olivieri se rindió telefónicamente ante el Ministro de Guerra no sin antes pedir garantías para salir ileso del lugar. Abajo, en la Plaza de Mayo, miles de personas enardecidas se mezclaban con el olor a muerte. El General Franklin Lucero, fue el encargado de anunciarle al país, que las Fuerzas Armadas volvían a los cuarteles. La acción golpista de los subversivos dejó más de 30 muertos, entre ellos 40 niños del interior que estaban en un micro visitando Buenos Aires, y más de 1000 heridos y mutilados.

En horas de la noche se incendiaron las iglesias de San Francisco, San Ignacio, Santo Miguel, Santo Domingo y San Nicolás de Bari. Perón responsabilizo de los hechos a insensatos que trataban de sacar provecho de la situación. En el Vaticano, no le creyeron y lo culparon de los incendios.

Lejos de amedrentarse, la marina, la fuerza más comprometida con las acciones del 16 de junio, se encargó de mantener el diseño del golpe reclutando adhesiones en el Ejército. Semanas más tarde del bombardeo, el Ministro Lucero le informó a Perón de nuevos movimientos sediciosos.

Hubo generales leales que le propusieron a Perón armar al pueblo en defensa del gobierno constitucional. El 31 de agosto Perón convocó al pueblo a plaza de Mayo y dejó entrever la posibilidad de abrir los arsenales al pueblo. Fue un discurso inusualmente duro, anunciando la etapa más crítica de una potencial guerra civil.

Tiempo después Perón en su libro del Poder al exilio, reconocería que se dejó persuadir de no armar al pueblo en defensa de su gobierno, porque todo terminaría en una masacre estéril de civiles

Los primeros movimientos subversivos que concluirían con el golpe del 16 de septiembre de 1955 se produjeron en Córdoba y Bahía Blanca. En Río Santiago estaba el General Eduardo Lonardi, una de las cabezas del Ejército que se sumaba al movimiento sedicioso que proponía la Marina. El comando de la fuerza de la represión a este movimiento se constituyó en el Ministerio de Guerra. Allí estaban los Generales leales, Imaz, Lucero y Domínguez. Las bases de Rió Santiago, después de dos días de combate, volvieron a manos leales. Pero Bahía Blanca y Córdoba, se mantuvieron fuertes en su posición.

En la Capital Federal, francotiradores, desde el comando de la marina lanzaron ráfagas de ametralladora sobre los peronistas que marchaban a una nueva defensa de su gobierno. Se volvían a repetir imágenes de la masacre del 16 de junio. El mensaje de los golpitas era claro. Se tiraría a matar a quien manifestase en la Plaza a favor de Perón. La flota de guerra se colocó en las aguas del Río de la Plata con sus cañones apuntando a la ciudad de Buenos Aires, al frente estaba el contralmirante Isaac Rojas. que amenazó bombardear la ciudad si Perón no renunciaba. En Curuzú Cuatia se sofocó otro levantamiento. Una junta de generales leales le volvió a sugerir a Perón que abra los arsenales y arme al pueblo. El presidente contestó que, como militares que eran, ellos pensaban en la batalla. Sin embargo, él debía pensar y actuar no solo como un militar.

Las radios hablaban de la flota apostada en las puertas de la ciudad sobre el Río de la Plata. Mucha gente se acercó hasta la costanera para intentar verla. El temor a una nueva masacre como la del 16 de junio intimidó a la población. El 18 de septiembre Perón escribió una carta ofreciendo su renuncia si ésta servia para evitar el baño de sangre.

En las primeras horas del 19 de septiembre Perón se reunió en la residencia presidencial de Palermo con Generales leales. Los sectores militares más antiperonistas se mostraban intransigentes. Esa noche se agotaron las negociaciones. Ya no había generales leales. En la madrugada del 20 le hicieron saber a Perón que debía abandonar el país. Isaac Rojas buscaba consenso en el resto de la marina apara asesinar a Perón.

A las 7 de la mañana del 20 de septiembre Perón dejó la residencia presidencial de Palermo acompañado por Isaac, su chofer, por el mayor Chelcheta y un funcionario de la policía presidencial. Se dirigieron a la embajada de Paraguay. Una vez allí el embajador paraguayo, Chavez, recibió Perón y le sugirió trasladarse a la cañonera que ese país tenía anclada en la Darsena A de Puerto Nuevo.

El gobierno paraguayo tenía un especial reconocimiento por Perón, quien había sido nombrado ciudadano ilustre de ese país, después que Argentina sancionó en 1954, una ley por la que se restituían todos los trofeos de la guerra de 1870 (Triple Alianza).

Perón se mantuvo en la cañonera hasta el 25 de septiembre. Ese día viajo en hidroavión hasta Asunción, mientras usurpando los poderes constitucionales, el General golpista Eduardo Lonardi asumía la presidencia.