A las 20,45 del 31 de agosto de 1999, el vuelo 3142 de Lapa con 95 pasajeros y 5 tripulantes a bordo, carreteó por la pista central del aeroparque Jorge Newbery para iniciar su viaje rumbo a la provincia de Córdoba.  A las 20,54 el comandante, Gustavo Weigel, con el avión en posición anuncia el despegue y aplica aceleración máxima en los motores. Seis segundos más tarde comenzó a sonar la alarma advirtiendo anomalías en las maniobras.  Weigel le preguntó al copiloto Luis Echeverry por el compensador del timón de profundidad. El proceso de aceleración continuó y segundos más tarde Echeverry anuncia que están en los 80 nudos de velocidad, unos 144 kilómetros por hora. Con la alarma como sonido de fondo Weigel comentó, “No sé que es lo que esta sonando viejo, pero acá está todo bien“. Fue la última posibilidad de abortar el despegue. El avión ya circulaba a 220 kilómetros por hora

Cuando tuvo la certeza que el avión no levantaría vuelo, Weigel intento detenerlo con una desaceleración de los motores, pero la máquina ya estaba fuera de control. En pocos segundos salió de la pista, rompió la reja perimetral de aeroparque, cruzó la avenida costanera (arrastrando vehículos y una parada de colectivos) y se incrustó contra un talud de arena de la cancha de golf ubicada a pocos metros de una estación de servicio.

La segunda peor tragedia de la aviación en la Argentina le costó la vida a 65 personas, 63 de ellos eran pasajeros y tripulantes. Otras dos personas murieron arrollados por el Boeing, en su loca carrera final, y 30 quedaron con heridas de distinta gravedad o mutilaciones.

En los primeros días posteriores a la catástrofe se habló de fallas de mantenimiento en el avión, de desperfectos en una de las turbinas, pero con el correr del tiempo se supo que el origen de la tragedia fue la no activación de los flaps, unos alerones en las alas que resultan imprescindibles para provocar el despegue de la nave. La Junta de Investigaciones de Accidentes de Aviación Civil, dependiente de la Fuerza Aérea Argentina le entregó al juez Gustavo Literas esa conclusión en mayo de 2000. En el informe se señala, en forma contundente, que no hubo problemas técnicos, ni de mantenimiento, ni fallas en los controles en aeroparque. El error fue humano. Los pilotos no configuraron las alas para el despegue y desestimaron la alarma que advertía la falla.

Quizás este segundo punto sea el más sorprendente, tanto para el oído común que pudo escuchar claramente, gracias a la grabación de la caja negra, como para los investigadores judiciales. Resulta inexplicable como es que los pilotos desatendieron la advertencia sonora. Tuvieron 35 segundos para posibilitar abortar el despegue. El juez Literas, que estuvo la noche del accidente en aeroparque tomando las primeras acciones judiciales, inicialmente no descartó ninguna hipótesis. Puso a la unidad antiterrorista, bajo el mando del comisario Palacios, como custodia de los restos del avión. En la etapa de instrucción, es decir durante la acumulación de pruebas, Literas recibió más de 1500 declaraciones testimoniales. Desde testigos oculares del accidente hasta la totalidad de empleados de la empresa, que incluyó a pilotos, copilotos y auxiliares de a bordo. El testimonio de la caja negra llevó al juez a preguntarse si esta era una peligrosa práctica habitual que se extendía al resto de los comandantes. En mayo de 2000 el juez comenzó las indagatorias a 34 imputados en la causa. Fueron 13 jefes de inspectores de la Fuerza Aérea, 12 directivos de la empresa, cinco empleados y ex empleados gerenciales de LAPA y 4 instructores de vuelo. El abanico de imputados ya mostraba que la intención del juez no era quedarse tan sólo con la eventual responsabilidad del piloto y copiloto del vuelo 3142. Literas buscó establecer una cadena de responsabilidades.

En el recorrido judicial, además de las testimoniales e indagatorias, se realizaron allanamientos. Según fuentes judiciales, de los legajos de la tripulación secuestrados en las oficinas de LAPA, se desprende que al piloto se le debían casi 70 días de vacaciones, por lo que se podría estar hablando de fatiga crónica. También se detectado irregularidades en los exámenes de ascenso de Weigel y de los chequeos de eficiencias semestrales..

El audio de la caja negra dio cuenta de la falta de esterilidad en la cabina en los momentos previos al despegue. De los 30 minutos de conversaciones grabadas, poco más de 5 se relacionan con cuestiones técnicas operativas. Las normas establecen que antes de despegar las únicas comunicaciones que deben realizarse es las de tipo operativas.

La historia y el crecimiento de Lapa está íntimamente relacionado con los cambios que hubo en la política aerocomercial argentina a partir de su desregulación en 1992. LAPA supo aprovechar esa circunstancia. Paso del 0,3% de su participación en el mercado al 26,8% en tan sólo seis años. Fue la empresa que más y mejores ventajas les sacó a las nuevas reglas del juego instaladas a partir del 92. Lanzó nuevos precios y forzó rebajas en otras empresas del sector. En 5 años las tarifas bajaron casi un 30% en la argentina, mientras que en el mismo período la cantidad de pasajeros se duplicó. Comparado con 1992 la tarifa media aerocomercial bajo de 142 dólares a 102.

Gustavo Deutsch, titular de la empresa, cosecho una íntima relación con el ex presidente Carlos Menem. Relación que tuvo su prueba de fuego en los inicios expansionistas de LAPA. Coincidentes con las internas entre Menem y su ministro de Economía Domingo Cavallo, LAPA realizó su primer vuelo con la nueva política desregulatoria del mercado con destino a Iguazú. En ese primer vuelo además de los integrantes del directorio viajaban invitados especiales. Cuando el avión estaba llegando a destino, desde la torre de control de Iguazú le prohibieron el descenso, argumentando falta de trámites previos. En pleno vuelo Deutsch fue advertido por el piloto de la nave y recurrió a un llamado a Menem. Desde el aire explicó el inconveniente sabiendo que se trataba de una interna entre el jefe de estado y su ministro de economía. Menem resolvió con un llamado a la Fuerza Aérea el conflicto.

Con el correr de los años Lapa acrecentó más sus destinos y vuelos regulares. Terminó desbancando a Aerolíneas, pero con un gran riesgo ejemplificado en un informe de La Secretaría de Transporte que señalaba que en un mes el 5% de los vuelos de LAPA con base en aeroparque se habían cancelado. Eran 375 vuelos.

El Tribunal Oral 4 condenó, el 2 de febrero de 2010, a 3 años de prisión en suspenso a Valerio Francisco Diehl, ex gerente de operaciones de LAPA, y Gabriel María Borsani, ex jefe de Línea de Boeing 737-200, por considerarlos penalmente responsables del delito de estrago culposo agravado. Para los jueces, el responsable de la tragedia fue el piloto, y por ende, también le asignaron responsabilidad a los encargados de promoverlo y controlarlo. En el fallo se absolvió a Gustavo Deutsch, Ronaldo Patricio Boyd, ex Presidente y Vice de LAPA, y el resto de los funcionarios de LAPA procesados. En septiembre de 2013, la Corte Suprema de Justicia dejó firmes las dos únicas condenas, y en agosto de 2014 confirmó la prescripción de la causa LAPA.

A mediados de septiembre de 2014, el ex dueño de LAPA, Gustavo Deutsch (78), murió en un accidente aéreo. Volaba hacia Aeroparque con su mujer desde la estancia La Nueva, en Junín cuando el bimotor se estrelló contra dos casas en Nordelta, Tigre.